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Les variables Omicron expliquées : ce qu’elles sont et ce que nous savons

Une autre vague de Covid-19 pourrait être en route avec la nouvelle variante Omicron qui voit à nouveau le nombre de cas augmenter. Vidéo / NZ Herald / Ben Cummins

Le sous-type haussier d’omicron BA.5 pourrait devenir la forme dominante en Nouvelle-Zélande pour Covid-19 au cours des deux prochaines semaines. Mais déjà, il y a des signes avant-coureurs qu’une autre variante émergente d’Omicron pourrait remplacer cela. Quels sont-ils et que savons-nous ? Le journaliste scientifique Jamie Morton l’explique.

Alpha, Beta, Delta, Omicron BA.2, BA.5 et maintenant BA.2.75.

Il pourrait être difficile pour le reste d’entre nous de suivre le rythme, mais pour les virologues, la raison pour laquelle de nouvelles variantes et sous-variables comme celles-ci apparaissent et causent des ravages est bien comprise.

Au fur et à mesure que les virus se propagent, ils se reproduisent en copiant leur propre génome. Dans le processus, ils font parfois des erreurs – créant ce que nous connaissons mieux comme des mutations.

Plus le virus se propage longtemps d’un hôte à l’autre, plus il lui est facile de se propager et mieux il sait comment l’infecter.

Si vous trouvez une mutation particulière qui offre une sorte d’avantage, comme une meilleure invasion de nos cellules, alors cette « erreur » bénéfique demeure.

Dans toutes les variantes de Covid-19 que nous avons vues jusqu’à présent, le principal avantage a été les combinaisons intelligentes de mutations spécifiques qui modifient la structure qui l’ont aidé à se propager plus rapidement.

Ceux-ci ont tendance à se produire principalement autour de la protéine « spike » du virus, qu’il utilise pour se fixer à un récepteur spécifique qui lui permet d’entrer dans nos cellules – et c’est ce qui s’est passé dans la dernière d’une série d’étincelles omicron.

Baccalauréat 1

Lorsque Omicron a fait ses débuts en Afrique du Sud fin 2021 et a commencé son ascension mondiale, il a été désigné B.1.1.529, ou BA.1.

Les scientifiques ont rapidement découvert qu’il avait un nombre effrayant de mutations – et la capacité de se répliquer 70 fois plus vite dans les voies respiratoires que les deltas.

Bien qu’il soit moins mortel que Delta – des études ont indiqué que l’infection à l’omicron est 91% moins mortelle que Delta, avec un risque d’hospitalisation de 51% inférieur – la variante s’est rapidement avérée meilleure pour se propager et échapper à l’immunité.

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Alors que deux doses du vaccin n’offrent qu’une protection de 30 à 40 % contre l’infection et environ 70 % contre l’hospitalisation, une récente dose de rappel a porté l’efficacité contre l’infection à environ 75 % et 88 % pour les maladies graves.

Delta a rapidement pris le contrôle – mais il ne faudrait pas longtemps avant que l’ère de l’Omicron « original » ne soit également terminée.

Baccalauréat 2

Alors que BA.1 a commencé à émerger à la frontière néo-zélandaise à la fin de l’année dernière, un autre sous-type, BA.2, a émergé dans son sillage.

Alors que les deux ont commencé à se répandre largement dans nos communautés à la fin de l’été, la première vague dans le pays s’est avérée être alimentée par une combinaison des deux.

Cela contraste avec les endroits où BA.1 a frappé tôt à l’extérieur, uniquement pour contrer les deuxièmes vagues entraînées par BA.2.

À la mi-automne, BA.2 avait réussi à éliminer BA.1, qui est estimé être de 30 à 50 % moins contagieux que son successeur.

Ce graphique montre la séquence des variantes et sous-variantes dominantes du Sars-CoV-2 en Nouvelle-Zélande depuis janvier, avec delta en bleu, BA.1 en rouge, BA.2 en orange, BA.4 en rose et BA.5 en marron et BA.2.12.1 en jaune.  Image/ESR
Ce graphique montre la séquence des variantes et sous-variantes dominantes du Sars-CoV-2 en Nouvelle-Zélande depuis janvier, avec delta en bleu, BA.1 en rouge, BA.2 en orange, BA.4 en rose et BA.5 en marron et BA.2.12.1 en jaune. Image/ESR

L’Agence britannique de sécurité sanitaire a jugé plausible que la transmissibilité élevée de BA.2 et la période séquentielle plus courte – le temps entre l’apparition des symptômes chez une personne infectée jusqu’à ce que la personne suivante développe des symptômes – étaient des facteurs à l’origine de la prévalence élevée.

Fait important, l’agence n’a également signalé aucune différence significative dans l’efficacité du vaccin contre les deux espèces; En fait, la protection contre la maladie symptomatique était légèrement plus élevée pour BA.2 (74 % après deux à quatre semaines) que pour BA.1 (69 %).

Bien que des études aient indiqué que BA.2 pourrait être plus résistant aux traitements par anticorps monoclonaux, il n’y a pas suffisamment de données solides pour montrer qu’il rend les gens plus malades.

Par rapport à BA.1 et BA.2, les cas de BA.3, porteurs d’une «délétion» génétique similaire à BA.1, restent extrêmement rares.

Baccalauréat 4 et Baccalauréat 5

Les modélistes ont choisi plus tôt notre deuxième vague Omicron pour décoller à la fin de l’hiver, voire au printemps, mais l’arrivée de BA.4 et BA.5 semble maintenant avoir poussé ce rallye en juillet.

Bien que des études soient encore en cours, les deux sous-types peuvent être 36% plus infectieux que BA.2 – et bien meilleurs pour échapper à l’immunité.

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« BA.2 est toujours dominant à travers le pays – mais environ un cas communautaire sur trois en Nouvelle-Zélande est déjà BA.4 ou BA.5 – et la plupart sont BA.5 », a déclaré le Dr Gemma Geojgan, virologue à l’Université d’Otago.

« Par conséquent, nous pouvons nous attendre à ce que BA.5 devienne la variante dominante – ou représente plus de 50% des cas – dans les deux prochaines semaines. »

La surveillance des eaux usées la plus récente a montré que 19 des 20 sites ont été testés positifs pour BA.5.

« On dirait qu’elle va aux bananes. »

BA.4 et BA.5 ont d’abord été détectés en Afrique du Sud – en janvier et février respectivement – avant de se répandre dans le monde entier.

Fin juin, ils représentaient environ 55% des échantillons mondiaux modernes.

Alors qu’ils partageaient bon nombre des mêmes mutations que BA.1, ils ressemblaient plus à BA.2 – et encore une fois, ils portaient des mutations supplémentaires qui pourraient altérer leurs propriétés.

Les deux sous-types avaient des gènes de protéines identiques et portaient également la mutation L452R – quelque chose que l’on trouvait auparavant dans Delta, censé aider le virus à mieux adhérer aux cellules humaines.

Un autre changement appelé la mutation F486V, près de l’endroit où la protéine hérissée se fixe à nos cellules, peut aider à contourner notre réponse immunitaire.

Licence 2.12.1

À la fin du mois dernier, BA.2.12.1 – la douzième souche qui dérive de BA.2 – représentait environ un cas sur 10 en série de Covid-19 en Nouvelle-Zélande.

« Cette alternative a également un avantage de croissance sur BA.2 et est désormais omniprésente, en particulier aux États-Unis, où elle devient indisciplinée », a déclaré Geoghegan.

« Alors que nous voyons beaucoup de cas de BA.2.12.1 en Nouvelle-Zélande, il y a beaucoup de cas importés pour cette variante depuis l’étranger. »

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Les scientifiques ont découvert que BA.2.12.1 portait environ 20 des mêmes mutations que BA.1, plus sept autres, dont L452R. Mais rien n’indique que BA.2.12.1 remplacera BA.4 et BA.5.

Une étude publiée cette semaine a examiné la capacité des anticorps de personnes ayant reçu au moins trois doses du vaccin à ARNm, ou ayant reçu deux doses et ayant ensuite été infectées par Omicron, à neutraliser les nouvelles sous-variantes.

Gemma Geojegan, virologue à l'Université d'Otago.  La photo jointe
Gemma Geojegan, virologue à l’Université d’Otago. La photo jointe

Ils ont constaté que si BA.2.12.1 était légèrement plus résistant que BA.2 chez les individus vaccinés et boostés, BA.4 et BA.5 étaient au moins quatre fois plus résistants que son prédécesseur.

Baccalauréat 2.75

S’il y a quelque chose qui flotte maintenant avec la possibilité que BA.4 et BA.5 sortent du centre de la scène, c’est BA.2.75.

Confirmé en Nouvelle-Zélande pour la première fois vendredi – cela a été rapporté par deux personnes qui ont récemment voyagé d’Inde – BA.2.75 est une autre nouvelle alternative de deuxième génération à BA.2.

« Nous savons que BA.2.75 a certaines propriétés qui semblent améliorer sa capacité à échapper à l’immunité, similaires aux sous-variantes BA.4 et BA.5 Omicron, et il existe des premières preuves qu’elles peuvent être légèrement plus transmissibles. . BA.2 », a déclaré hier le ministère de la Santé.

« Il n’y a aucune preuve actuelle que cela mène à une maladie plus grave, bien que l’évaluation des preuves en soit à un stade très précoce. »

BA.2.75 a emballé tous les mutants BA.2, plus huit autres, dans la protéine de pointe.

« En comparaison, BA.4 et BA.5 ont trois mutations de plus que BA.2 – donc cette mutation semble être plus divergente que les autres », a déclaré Geojegan.

« D’après les données externes, il semble que BA.2.75 a un tel avantage de croissance que s’il devient dominant ailleurs, cela se produira probablement ici aussi.

« Et avec des paramètres de frontière plus détendus, nous n’aurons pas vraiment la même longueur d’avance qu’avant. »

Tant qu’Omicron peut continuer à évoluer – en particulier chez les humains chroniquement infectés, mais aussi chez les animaux – Geoghegan a déclaré que nous pouvons nous attendre à entendre plus de sous-variables au fur et à mesure que la pandémie se déroule.

« Je ne pense pas que ce virus ait des limites antigéniques là où il peut aller. »

Lothaire Hébert

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