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Une étude examine la dynamique virale des quatre vagues de SRAS-CoV-2 de Hong Kong

La politique d’autorisation de Hong Kong visant à arrêter la transmission locale du virus du syndrome respiratoire aigu sévère 2 (SRAS-CoV-2) comprenait la mise en œuvre de réglementations strictes en matière de voyage et de mesures intermittentes non médicamenteuses.

Stady : Épidémiologie génomique du SRAS-CoV-2 dans le cadre de la stratégie d’élimination de Hong Kong. Crédit d’image : Naufal Zaquan / Shutterstock.com

Récemment Communication Nature Dans l’étude, les chercheurs ont évalué l’efficacité de ces stratégies d’élimination et ont constaté que seules trois nouvelles introductions mises en œuvre pendant l’interdiction de voyager assouplie étaient responsables de 90% des cas de maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) à Hong Kong. De plus, les chercheurs ont noté que l’épidémie de COVID-19 dans la communauté était due à de nouvelles introductions de virus provenant de voyages intérieurs lors du resserrement des mesures de contrôle pratiques, plutôt qu’à une réémergence de souches en circulation.

Contexte

Diverses stratégies ont été utilisées dans le monde pour contrôler la propagation du SRAS-CoV-2. Alors que la plupart des pays nord-américains et européens ont adopté des stratégies de suppression pour réduire le nombre de cas, la Chine, la Nouvelle-Zélande et Hong Kong ont poursuivi une stratégie d’élimination pour empêcher l’importation et la transmission communautaire du virus du SRAS 2.

Des rapports d’Europe et d’Amérique du Nord ont montré une croissance et une transmission exponentielle des souches de SRAS-CoV-2 avec une évolution dans le temps et dans l’espace. Cependant, les informations disponibles sur la dynamique du SRAS-CoV-2 dans les pays qui ont poursuivi des stratégies d’élimination sont limitées.

Hong Kong, avec une population de 7,5 millions d’habitants, combine des mesures de santé publique, des mesures sociales sporadiques, l’isolement obligatoire des cas et la mise en quarantaine des contacts étroits. De plus, cette ville a imposé des règles de voyage internes très strictes qui ont relativement bien réussi à empêcher la propagation du virus SARS-CoV-2 dans la communauté.

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Les mesures de contrôle des voyages ont évité l’introduction de la plupart des souches SARS-CoV-2 en circulation

Alors que de nombreuses nouvelles souches de SRAS-CoV-2 ont été signalées de manière dynamique dans des pays qui ont mis en œuvre leurs propres stratégies de suppression distinctives, Hong Kong a relativement réussi à contrôler la propagation du SRAS-CoV-2.

En novembre 2020, Hong Kong avait déjà connu quatre vagues de COVID-19. Une analyse de séquençage approfondie a révélé que seules trois souches virales, dont les souches SARS-CoV-2 B.3, B.1.1.63 et B.1.36.27, étaient responsables de 90 % des cas de SARS-CoV-2 acquis dans la communauté à Hong. Kong lors des vagues 2 à 4.

Les mesures de contrôle aux frontières ont empêché de nombreux nouveaux virus d’entrer dans le pays. De plus, les épidémies communautaires survenues à Hong Kong étaient principalement associées à une transmission exponentielle du virus pendant des périodes moins graves.

Les cas confirmés (ci-dessus) et les génomes séquencés (ci-dessous) sont présentés sous forme de diagrammes à barres sur les quatre vagues épidémiques.  La rigueur des mesures de contrôle en place à Hong Kong est basée sur le tracker de réponse du gouvernement Oxford COVID-19.  Les barres ombrées en rouge identifient cinq niveaux de rigueur de l'échelle de contrôle de Hong Kong (niveau 1 : <40 ؛ المستوى 2: 40-50 ؛ المستوى 3: 50-60 ؛ المستوى 4: 60-70 ؛ المستوى 5:> 70).  Des lignées classées chronologiquement de génomes représentatifs de Hong Kong (n = 610) et d’exotropie (n = 1538) montrent des clades monophylétiques contenant au moins cinq cas communautaires de Hong Kong.  Les deux plus grandes souches ont été échantillonnées à Hong Kong lors des séquences HK-wave3, HK-wave4A, B.1.1.63 et B.1.36.27 à 100 et 65, respectivement. » class= »rounded-img » src= »https http https://d2jx2rerrg6sh3.cloudfront.net/images/news/ImageForNews_704343_16448043664393135.png” srcset= »https://d2jx2rerrg6sh3.cloudfront.net/image-handler/ts/2022070213090607/ri/1746/Newsrc_80436693 png 17:// d2jx2rerrg6sh3.cloudfront.net/image-handler/ts/20220213090607/ri/1650/src/images/news/ImageForNews_704343_16448043664393135.png 1650w, https://d2jx2rerrg6sh3.image-cloudfrontler/s/ri40rc/20220207309 images/news/ImageForNews_704343_16448043664393135.png 1450w, https://d2jx2rerrg6sh3.cloudfront.net/image-handler/ts/20220213090607/ri/1250/src/images/News164483_Image.1250w, https://d2jx2rerrg6net/ -handler/ts/20220213090607/ri/1050/src/images/news/ImageForNews_704343_16448043664393135.png 1050w, https://d2jx2rerrg6sh3.cloud  front.net/image-handler/ts/20220213090607/ri/850/src/images/news/ImageForNews_704343_16448043664393135.png 850w, https://d2jx2rerrg6sh3.cloudfront.net/image-handler/ts/20220213090607/ri/650/src /images/news/ImageForNews_704343_16448043664393135.png 650w, https://d2jx2rerrg6sh3.cloudfront.net/image-handler/ts/20220213090607/ri/450/src/images/news/ImageForNews_704343_16448043664393-sizes :(41393-sizes) : 1200px) 673px, (min-width : 1090px) 667px, (min-width : 992px) calc(66.6vw – 60px), (min-width : 480px) calc(100vw – 40px), calc(100vw – 30px) » style = »largeur : 1746px ;  hauteur : 1986px ; » largeur= »1746″ hauteur= »1986″/></p>
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Les cas confirmés (ci-dessus) et les génomes séquencés (ci-dessous) sont présentés sous forme de diagrammes à barres sur les quatre vagues épidémiques. La rigueur des mesures de contrôle en place à Hong Kong est basée sur le tracker de réponse du gouvernement Oxford COVID-19. Les barres ombrées en rouge identifient cinq niveaux de rigueur de l’échelle de contrôle de Hong Kong (niveau 1 : <40 ؛ المستوى 2: 40-50 ؛ المستوى 3: 50-60 ؛ المستوى 4: 60-70 ؛ المستوى 5:> 70). Des lignées classées chronologiquement de génomes représentatifs de Hong Kong (n = 610) et d’exotropie (n = 1538) montrent des clades monophylétiques contenant au moins cinq cas communautaires de Hong Kong. Les deux plus grandes souches à Hong Kong ont été échantillonnées lors des séquences HK-wave3, HK-wave4A, B.1.1.63 et B.1.36.27 à 100 et 65, respectivement.

La fatigue épidémique a provoqué la poursuite de la quatrième vague

Alors que les trois premières vagues de COVID-19 ont reculé peu de temps après la mise en place des restrictions de voyage et sociales, la quatrième vague a continué à se propager pendant plusieurs mois de septembre 2020 à avril 2021, malgré la mise en place de mesures de contrôle très strictes (niveau 5).

Indice de reproduction effectif (R .).e) de la quatrième vague de COVID-19 à Hong Kong est restée inférieure à 2 de septembre 2020 à novembre 2020e Il est ensuite passé à près de 3 en novembre 2020, et a finalement chuté à près de 1 pour les mois suivants.

Des études antérieures comparant la capacité des souches de la troisième et de la quatrième vague à se répliquer et à stimuler les réponses des cytokines ont rapporté que les différences biologiques dans ces souches n’étaient pas la cause des différences observées dans la dynamique de l’infection et de la transmission.

L’équipe qui étudie les niveaux de mobilité humaine déduits d’Octopus, un système de paiement par carte à puce utilisé par la majorité des résidents de Hong Kong âgés de 16 à 65 ans, a constaté que la mobilité humaine était revenue aux niveaux pré-pandémiques à Hong Kong au début de la quatrième vague, jusqu’au moment où le stade des mesures strictes de contrôle social était en vigueur. Ces résultats suggèrent qu’une mixité sociale accrue dans la population, exacerbée par le stress lié au respect des mesures de contrôle, a probablement retardé le potentiel d’arrêt de la souche virale et a finalement conduit à une transmission locale durable.

« Cette étude souligne que le retrait continu par la mise en œuvre rapide de mesures de contrôle a été efficace, bien que la prolongation continue des actions communautaires semble réduire leur efficacité relative, probablement en raison de la fatigue associée au non-respect.

Des restrictions strictes sur les voyages intérieurs sont essentielles pour éviter les épidémies de nouvelles maladies

Le gouvernement de Hong Kong a immédiatement assoupli les mesures sanitaires et sociales en développant des solutions de contact tracing. Cependant, de nouvelles vagues de COVID-19 ont continué à se produire à la suite de nouvelles introductions, plutôt que d’une résurgence de souches précédemment en circulation.

Cela indique que la recherche des contacts a sans aucun doute réussi. Cependant, la prévention des flambées de nouvelles introductions nécessite des contrôles aux frontières plus stricts et une meilleure surveillance communautaire pendant les périodes de mesures de contrôle moins strictes.

«Bien que Hong Kong n’ait pas mis en œuvre de mesures de contrôle très strictes telles que des verrouillages à l’échelle de la ville ou des tests communautaires obligatoires, comme dans d’autres régions, l’utilisation combinée d’une recherche rapide et proactive des contacts avec des exigences obligatoires d’isolement des cas et de mise en quarantaine des contacts, et des exigences communautaires ciblées les mesures ont efficacement éliminé à plusieurs reprises la transmission locale du SRAS-CoV-2 au cours de la période d’étude.

Delphine Perrault

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