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Des recherches antérieures menées par deux chercheurs de l’Université Emory pour caractériser la dynamique de transmission du syndrome respiratoire aigu sévère-2 (SRAS-CoV-2) ont révélé que la taille du goulot d’étranglement du virus était grande, environ 1000 virions. Maintenant, une nouvelle étude, publiée sur bioRxiv* Un serveur prépresse des mêmes chercheurs, axé sur la région autrichienne, a découvert que les goulots d’étranglement de transmission du SRAS-CoV-2 sont plus serrés qu’on ne le pensait auparavant.
Une nouvelle analyse computationnelle a été réalisée en utilisant plus de 500 séquences profondes. Un ensemble de données génétiques et épidémiologiques pour un large éventail de virus a été analysé pour caractériser la dynamique de transmission du SRAS-CoV-2 en Autriche entre la période de février à avril 2020. De plus, les chercheurs ont étudié les modèles de covariables basse fréquence entre paires de transmission où une mutation génétique est présente De novo dans le récepteur.
Après une ré-analyse approfondie, les chercheurs ont obtenu un résultat contradictoire de l’article précédent. Ils ont constaté que les obstacles à la transmission du SRAS-CoV-2 sont extrêmement petits et étroits, de l’ordre de 1 à 3 virus. L’aspect le plus important de cette découverte est qu’elle met en lumière la façon dont le virus a évolué parmi les hôtes. De plus, cela a également aidé à comprendre le processus ou le modèle par lequel la mutation génétique se produit au sein d’une population.
La raison de la réanalyse des données était qu’il y avait peu d’éléments discutables. Des recherches antérieures ont estimé que la taille du goulot d’étranglement (en utilisant la variable 3%) était bimodale, avec 14 des 39 paires de transmission inférées. Pour mieux comprendre le résultat ci-dessus, les scientifiques ont ré-analysé les données de séquence profonde (volumes de goulot d’étranglement à 1% et 3%) et ont trouvé des similitudes entre le résultat obtenu et les recherches précédentes. Cependant, après des analyses plus poussées, ils ont trouvé une réduction de la taille des goulots d’étranglement. Cette réduction a été estimée pendant un seuil de 1% à 3% pour chacune des treize paires de transmission qui avaient des donneurs avec un maximum de variantes de nucléotides intra-hôte (iSNV) de> 6%.
Les scientifiques rapportent qu’une augmentation du seuil de contact variable supprime les iSNV de l’analyse. En outre, une diminution constante de la taille des goulots d’étranglement déduits peut se produire si les iSNV des donneurs à basse fréquence représentent de grandes tailles de goulots d’étranglement et les iSNV des donneurs à haute fréquence illustrent de petites tailles de goulots d’étranglement. L’enquête actuelle a montré la présence d’iSNV basse fréquence sur les paires de transmission donneur et receveur, indiquant une correspondance significative entre leurs fréquences, révélant un large goulot d’étranglement de transmission. Cependant, les iSNV du donneur à haute fréquence, qui étaient rarement présents pour la transmission du donneur et du receveur, peuvent indiquer un goulot de transfert étroit.
Pour comprendre les schémas contradictoires, les scientifiques ont examiné les mutations génétiques qui étaient présentes, dès le départ, chez les hôtes receveurs. Des différences génétiques étaient présentes dans les «graphiques TV» où les iSNV étaient absents du donneur et présents chez le receveur correspondant.
Les scientifiques ont expliqué que dans une variante de novo contenant un facteur fixe ou constant dans un échantillon de receveur, le partage de l’iSNV entre le donneur et le receveur ne devrait pas être observé. Leur présence chez le receveur ne peut être observée qu’à des sous-fréquences de transcription où une recombinaison rapide a lieu au sein de l’hôte, ou la variante constante de novo se produit plusieurs fois dans différents milieux génétiques. Cependant, une étude précédente a montré des co-sous-iSNV avec des fréquences remarquablement similaires entre les paires d’émetteurs et la variante constante de novo présente chez le receveur. Cette découverte a été réanalysée car les iSNV partagés à basse fréquence sont peu susceptibles de former une variation génétique transmise. Les iSNV à basse fréquence partagés entre les paires de donneurs et de receveurs se sont produits soit de manière fausse, soit indépendamment chez le receveur (analogue). Les scientifiques ont en outre noté que ces facteurs devraient être omis de toute analyse des goulots d’étranglement de transmission impliquant une paire de transmission.
Dans l’étude de réestimation, les scientifiques ont utilisé la méthode bêta binomiale à un seuil de rappel variable prudent de 6%. 13 paires de transmission ont été trouvées avec un ou plusieurs iSNV donneurs à une coupure de 6%, indiquant que seules ces paires pouvaient être estimées à la taille du goulot d’étranglement. L’augmentation du seuil de contact variable n’a aucune importance pour l’estimation de la taille du goulot d’étranglement. L’étude actuelle a révélé qu’une estimation d’une taille moyenne de goulot d’étranglement de 1,21, telle que 99% des transmissions réussissent, devrait résulter de 3 virus ou moins.
Par conséquent, cette analyse indique que le SRAS-CoV-2 a un goulot d’étranglement de transmission étroit et est de taille similaire à celle des virus de la grippe A. La petite taille du goulot d’étranglement indique également que l’infection commence le plus souvent par une très faible diversité génétique virale. Les scientifiques estiment que leurs recherches ajouteront une grande valeur aux informations trouvées sur le développement du SRAS-CoV-2 parmi et chez les personnes touchées.
*Remarque importante
bioRxiv Il publie des rapports scientifiques préliminaires qui n’ont pas fait l’objet d’un examen par des pairs et ne doivent donc pas être considérés comme concluants, orientant la pratique clinique / le comportement lié à la santé, ou traités comme des informations statiques.
