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Un test respiratoire basé sur l’ARN détecte le COVID-19

dans un Nouvelle étude dans un Journal de diagnostic moléculaireEt Les enquêteurs d’Elsevier ont publié un rapport sur la conception et les tests d’un alcootest, connu sous le nom de Bubbler, qui repose sur la détection de l’ARN viral pour le diagnostic du SRAS-CoV-2. Son nom est dérivé du bruit des bulles qui se produit lorsqu’un patient expire dans l’appareil.

Bubbler transcrit non seulement l’ARN des particules virales en suspension dans l’air en ADN à tester par PCR, mais il peut également écrire un code-barres ADN, permettant aux échantillons d’être directement liés au patient dont ils proviennent et utilisés pour le séquençage. Il peut être utilisé pour des lots simultanés d’échantillons regroupés et fournit des informations supplémentaires telles que la charge virale et l’identité de la souche et élimine le besoin de stabilisation de l’échantillon, ce qui pourrait permettre d’effectuer le test à domicile.

a expliqué le chercheur principal William G. Fairbrother, Ph.D., professeur au département de biologie moléculaire, biologie cellulaire et biochimie de l’Université Brown à Providence, RI, États-Unis.

La détection de virus par Bubbler est similaire à un test PCR sur écouvillonnage ; Cependant, c’est une meilleure mesure du risque d’infection car il détecte les particules virales en suspension dans l’air. Les tests de frottis peuvent donner un résultat positif pendant des mois après l’infection, car ils détectent des fragments d’ARN viral dans les cellules qui persistent dans les cellules précédemment infectées. Bubbler pourrait également être adapté pour l’échantillonnage environnemental dans les hôpitaux, les centres de transport et les environnements fermés tels que les bureaux, les navires et les avions, ont rapporté les enquêteurs.

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Soixante-dix patients traités aux urgences d’un hôpital du Rhode Island entre mai 2020 et janvier 2021. L’étude a testé des échantillons de trois points des voies respiratoires. Les égratignures de la langue provenant de la bouche (salive/égratignure de la langue) et de 15 s d’expiration recueillies dans Bubbler ont été comparées à celles d’un écouvillonnage nasopharyngé PCR conventionnel. Bubbler est un tube en verre avec une pipette en verre à travers laquelle les patients peuvent expirer. Le tube est rempli d’un mélange de réaction de transcription inverse et d’huile minérale froide.

L’étude a déterminé que le SRAS-CoV-2 peut être facilement détecté dans la respiration et est plus prédictif de l’atteinte des voies respiratoires inférieures. L’ARN viral de la respiration est enrichi par rapport aux échantillons oraux, tandis que les échantillons oraux comprennent des cellules impliquées dans la réplication du SRAS-CoV-2 que les échantillons d’haleine ne contiennent pas. Cela indique que le signal viral détecté dans Bubbler provient de particules virales actives.

« Les bulles sont probablement un meilleur indicateur de l’infection actuelle que les écouvillonnages nasopharyngés », a déclaré le Dr Fairbrother. Un autre avantage est le codage à barres, qui permet des tests à haut débit de virus à ARN à une fraction du coût des tests conventionnels. Le code-barres renvoie une séquence virale qui prend également en charge l’identification de la souche, ce qui peut être utile à mesure que davantage d’informations sont acquises sur la transmissibilité et les décisions potentielles de traitement spécifiques à la souche.

Les enquêteurs ont également démontré comment Bubbler pouvait être adapté pour détecter le virus dans des échantillons en suspension dans l’air. Pour modéliser le mouvement des gouttelettes émises dans la respiration humaine, trois échantillons d’ADN uniques ont été ajoutés à trois humidificateurs personnalisés à différents endroits à différentes distances de Bubbler dans une chambre à haut débit d’air et une chambre à faible débit d’air. Bien qu’une exploration détaillée de cette application n’entrait pas dans le cadre de l’étude, les résultats démontrent le potentiel d’utiliser des acides nucléiques volatils pour cartographier quantitativement le flux d’air intérieur et détecter le SRAS-CoV-2 dans l’air.

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« Cette technologie pourrait être utile pour rétablir le service dans des industries telles que les hôtels, les bateaux de croisière et les casinos », a noté le Dr Fairbrother. « Il y a également un avantage épidémiologique aux tests de routine de l’air dans les sites d’alerte précoce tels que les centres de transport et les services d’urgence des hôpitaux. »

Les tests COVID-19 utilisent généralement des échantillons prélevés dans les voies respiratoires supérieures via la salive ou un écouvillon nasopharyngé. Les échantillons positifs contiennent un virus actif, mais la charge virale des voies respiratoires supérieures n’est pas associée à des symptômes des voies respiratoires inférieures, tels que la pneumonie.

Référence: Duan C, Borer L, Wang Ji et al. Détection efficace du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2) à partir de l’expiration. Diagnostic du centre commercial J. 2021 ; 23 (12) : 1661-1670. dui : 10.1016 / j.jmoldx.2021.09.005

Cet article a été republié à partir de ce qui suit Matiéres. Remarque : L’article peut avoir été modifié pour sa longueur et son contenu. Pour plus d’informations, veuillez contacter la source mentionnée.

Delphine Perrault

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