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Un outil de réalité virtuelle pour une utilisation dans le contrôle des maladies

Crédit : CC0 Domaine Public

La science possède la technologie pour mesurer l’activité de chaque gène dans une seule cellule individuelle, et une seule expérience peut générer des milliers de cellules de données. Des chercheurs de l’Université de Lund en Suède ont révolutionné la façon dont ces données sont analysées – en utilisant la technologie des jeux vidéo 3D. L’étude a été publiée dans la revue iScience.


Les techniques avancées de séquençage de l’ARN et de l’ARN ont ouvert la possibilité d’étudier des cellules individuelles dans des tissus d’une manière plus complète qu’auparavant. Le grand défi de ces techniques de séquençage est qu’elles génèrent de grandes quantités de données.

Quand tu veux distinguer cellules cancéreuses de la part de cellules normalesPar exemple, vous devez examiner des milliers de cellules pour obtenir la bonne compréhension, ce qui se traduit par des quantités massives de données numériques », explique Chamet Suneji, chercheur en biologie computationnelle à l’Université de Lund.

Pour rendre ces données compréhensibles, chaque cellule est mathématiquement placée dans un espace 3D pour former une « feuille de route » des cellules et de la façon dont elles sont liées les unes aux autres. Cependant, ces cartes peuvent être difficiles à naviguer à l’aide d’un ordinateur de bureau ordinaire.

« Pouvoir se promener et traiter ses propres données de manière intuitive et efficace lui donne une toute nouvelle compréhension. J’irais même jusqu’à dire que l’on pense différemment en réalité virtuelle, grâce à la capacité de la technologie à impliquer votre corps dans l’analyse processus », explique Mattias Wallergård. Chercheur en Design d’Interaction et Réalité Virtuelle à l’Université de Lund.

Crédit : Université de Lund

L’équipe de l’université de Lund a développé CellexalVR ; une Réalité virtuelle Un environnement qui permet aux chercheurs d’utiliser des outils intuitifs pour explorer toutes leurs données en un seul endroit. Cartes 3D des cellules calculées à partir de l’activité des gènes et d’autres informations tirées de cellules individuelles Le chercheur peut clairement voir quels gènes sont actifs dans la formation de certains types de cellules.

Avec un casque VR, l’utilisateur a tout un monde de groupes de cellules devant lui et peut déterminer plus précisément comment les cellules sont liées les unes aux autres. À l’aide de deux contrôleurs manuels, ils peuvent sélectionner des cellules d’intérêt pour une analyse plus approfondie avec de simples gestes de la main comme s’il s’agissait d’objets physiques.

Étant donné que l’espace n’est pas un problème, il est possible d’avoir plusieurs cartes cellulaires dans la même « pièce » et de les comparer côte à côte, ce qui est difficile sur un écran d’ordinateur traditionnel. Les chercheurs peuvent également se rencontrer dans ce monde de réalité virtuelle pour analyser ensemble des données, même si elles sont situées dans des endroits géographiquement différents.

« Même si vous n’êtes pas familiarisé avec la programmation informatique, ce type d’analyse est ouvert à tous Un monde virtuel C’est un domaine de recherche en plein développement Potentiel énorme Pour les scientifiques qui ont besoin d’accéder et de traiter les mégadonnées de manière plus interactive et collaborative », conclut Shamit-Songhi.


Le nouvel algorithme utilise l’apprentissage en ligne pour des ensembles de données cellulaires massifs


Plus d’information:
Oscar Legetth et al., CellexalVR : Une plateforme de réalité virtuelle pour la visualisation et l’analyse de données omiques monocellulaires, iScience (2021). DOI : 10.1016 / j.isci.2021.103251

le programme: www.cellexalvr.med.lu.se/

Introduction de
Université de Lund

la citation: Un outil de réalité virtuelle qui sera utilisé dans la lutte contre la maladie (2021, 23 novembre) Récupéré le 23 novembre 2021 sur https://phys.org/news/2021-11-virtual-reality-tool-disease.html

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