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Covid-19 : pourquoi le nombre de nouveaux cas communautaires et de cas Omicron ne s’aligne pas

Les données les plus récentes sur le pays Covid-19 l’épidémie a laissé quelques personnes se gratter la tête – comment pourrait-il y avoir 105 nouveaux cas communautaires vendredi, mais le cluster Omicron n’a augmenté que de 15 cas ?

Il y a une explication simple : vous savez que vous avez le Covid-19 avant de savoir de quelle variante il s’agit.

Une fois qu’une personne renvoie un résultat positif au test Covid-19, l’échantillon est envoyé à un laboratoire pour séquençage du génome entier. C’est le processus qui détermine la variante de la maladie d’un individu.

Le séquençage du génome a lieu dans les jours qui suivent le retour d'un test positif.

Frank Augstein/AP

Le séquençage du génome a lieu dans les jours qui suivent le retour d’un test positif.

Le processus peut prendre un certain temps, de sorte que les nouveaux cas que nous voyons chaque jour dans le cluster Omicron ne font pas nécessairement partie de l’ensemble des nouveaux cas communautaires chaque jour.

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« Beaucoup de ces cas confirmés ou suspects d’Omicron auront été signalés publiquement comme des cas communautaires de Covid-19 liés un jour plus tôt, avant d’être rétrospectifs soit par séquençage du génome entier, soit épidémiologiquement », a déclaré un porte-parole du ministère de la Santé.

« Par conséquent, bien qu’il y ait un chevauchement entre le groupe de cas communautaires et le groupe de cas confirmés ou suspects d’Omicron signalés un jour donné, ces chiffres ne doivent pas être directement comparés. Ces nombres mesurent deux groupes de cas différents, avec certains membres partagés, mesurés sur une période de temps différente.

Le Dr Joep de Ligt, responsable de la bioinformatique et de la génomique à l’ESR (l’Institut des sciences et de la recherche environnementales), a déclaré que l’ESR vise à terminer le séquençage du génome des cas urgents dans les 24 heures suivant la réception d’un résultat de test positif.

Des échantillons urgents sont en cours de traitement sur le site ESR le plus proche – à Auckland, Wellington ou Christchurch.

Les échantillons de routine sont généralement séquencés deux fois par semaine dans les centres de Wellington et de Christchurch, explique de Ligt.

On ne sait pas combien de vendredi 105 nouveaux cas communautaires ont déjà été séquencés ou sont en cours de séquençage.

Le ministère de la Santé a annoncé plus tôt qu’il adoptait une nouvelle approche pour donner la priorité au séquençage du génome pour tout cas positif non lié de Covid-19 dans la communauté, pour détecter les cas d’Omicron « le plus rapidement possible ».

Les échantillons seraient traités comme urgents et testés dans les 12 à 24 heures suivant leur réception par un laboratoire, a-t-il déclaré lundi.

L’autre façon dont les cas sont inclus dans le cadre de l’épidémie d’Omicron est par l’établissement d’un lien épidémiologique.

C’est lorsqu’un cas est lié à un cas d’Omicron précédemment signalé – par exemple, lorsque les traceurs de contact sont en mesure de vérifier que les deux personnes étaient à proximité un jour donné.

À ce jour, 105 cas communautaires de Covid-19 ont été confirmés comme étant la variante Omicron ou ont été liés à un cas Omicron précédemment signalé.

Il y a une forte probabilité que la plupart des 105 nouveaux cas communautaires de vendredi – le total quotidien le plus élevé depuis le 6 décembre – soient Omicron, étant donné la nature hautement transmissible de la variante et le nombre d’événements d’exposition liés au cluster.

Certains vont probablement Delta, mais le nombre de cas Delta a globalement diminué ces dernières semaines.

Le fait qu’il y ait eu 105 nouveaux cas communautaires vendredi, ainsi que 105 cas confirmés comme faisant partie de l’épidémie d’Omicron, n’était qu’une coïncidence, selon le ministère de la Santé.

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Lothaire Hébert

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