Les cas de la variante Omicron du SRAS-CoV-2 se sont multipliés dans le monde au cours des deux derniers mois, de nombreux pays ayant connu des pics plus élevés que les variantes précédentes.
Maintenant nous sommes voir des cas d’une sous-variante d’Omicron, connue sous le nom de BA.2, émergent en Australie et plus de 50 pays.
Plutôt qu’une fille de la variante Omicron BA.1 (ou B.1.1.529), il est plus utile de considérer BA.2 comme la sœur d’Omicron.
Rappelez-moi, qu’est-ce qu’une variante ?
Les virus, et en particulier les virus à ARN tels que le SARS-CoV-2, font beaucoup d’erreurs lorsqu’ils se reproduisent. Ils ne peuvent pas corriger ces erreurs, ils ont donc un taux relativement élevé d’erreurs, ou de mutations, et évoluent constamment.
Lorsque le code génétique d’un virus change à la suite de ces mutations, on parle de variante.
Omicron est une variante « très divergente », ayant accumulé plus de 30 mutations dans la protéine de pointe. Cela a réduit la protection des anticorps contre l’infection et la vaccination antérieures, et a augmenté la transmissibilité.
Quand les autorités sanitaires s’inquiètent-elles d’une nouvelle variante ?
Si l’on pense que des changements dans le code génétique ont le potentiel d’avoir un impact sur les propriétés du virus qui le rendent plus nocif, et qu’il y a une transmission importante dans plusieurs pays, il sera considéré comme une «variante d’intérêt».
Si une variante d’intérêt s’avère alors plus contagieuse, échappe à la protection contre la vaccination ou une infection antérieure et/ou a un impact sur la performance des tests ou des traitements, elle est étiquetée comme une « variante préoccupante ».
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L’Organisation mondiale de la santé (OMS) a classé Omicron comme variante préoccupante le 26 novembre en raison de son potentiel à provoquer des taux de réinfection plus élevés, une transmissibilité accrue et une protection vaccinale réduite.
Quelle est la lignée Omicron ?
Une lignée, ou sous-variante, est un groupe génétiquement étroitement lié de variantes virales dérivées d’un ancêtre commun.
La variante Omicron comprend trois sous-lignées : B.1.1.529 ou BA.1, BA.2 et BA.3.
Alors que l’OMS n’a pas donné à BA.2 une classification distincte, le Royaume-Uni a étiqueté BA.2 une variante « en cours d’investigation ». Il ne s’agit donc pas encore d’une variante intéressante ou préoccupante, basée sur les définitions de l’OMS, mais qui est surveillée de près.
Ce n’est pas la première variante à avoir des sous-lignées. À la fin de l’année dernière, Delta « plus » ou AY.4.2 a été largement rapporté, puis Omicron est arrivé.
En quoi BA.2 est-il différent ?
Alors que les premières séquences de BA.2 étaient envoyé des Philippines – et nous avons maintenant vu des milliers de cas, y compris aux États-Unis, au Royaume-Uni et certains en Australie – son origine est encore inconnue.
Les propriétés exactes de BA.2 sont également toujours à l’étude. Alors qu’il y a aucune preuve jusqu’à présent qu’il provoque une maladie plus graveles scientifiques ont des préoccupations spécifiques.
1. Il est plus difficile de différencier
Un marqueur qui a permis de différencier Omicron (BA.1) des autres variants du SRAS-CoV-2 sur les tests PCR est l’absence du le gène S, connu sous le nom de « défaillance de la cible du gène S ». Mais ce n’est pas le cas pour BA.2.
L’incapacité à détecter cette lignée de cette manière a conduit certains à la qualifier de « sous-variante furtive ».
Mais cela ne signifie pas que nous ne pouvons pas diagnostiquer BA.2 avec des tests PCR. Cela signifie simplement que lorsqu’une personne est testée positive pour le SRAS-CoV-2, il nous faudra un peu plus de temps pour savoir quelle variante est responsable, grâce au séquençage du génome. C’était le cas des variantes précédentes.
2. Il peut être plus contagieux
Le plus préoccupant est peut-être la preuve émergente que BA.2 pourrait être plus contagieux que l’Omicron original, BA.1.
UNE étude préliminaire du Danemarkoù BA.2 a largement remplacé BA.1, suggère que BA.2 augmente la sensibilité à l’infection des personnes non vaccinées d’un peu plus de deux fois par rapport à BA.1.
Les chercheurs suggèrent que les personnes entièrement vaccinées sont 2,5 fois plus sensibles au BA.2 qu’au BA.1, et celles qui ont été vaccinées de rappel sont près de trois fois plus sensibles.
L’étude a examiné plus de 2 000 cas domestiques primaires de BA.2 pour déterminer le nombre de cas survenus au cours d’une période de suivi de sept jours.
Les chercheurs ont également estimé que le taux d’attaque secondaire (essentiellement, la probabilité qu’une infection se produise) était de 29 % pour les ménages infectés par BA.1 contre 39 % pour ceux infectés par BA.2.
Cette étude danoise est encore une préimpression, ce qui signifie qu’elle n’a pas encore été vérifiée par des scientifiques indépendants, donc des recherches supplémentaires sont nécessaires pour confirmer si BA.2 est vraiment plus contagieux que BA.1.
Nous verrons probablement de nouvelles variantes
Nous devrions nous attendre à ce que de nouvelles variantes, sous-variantes et lignées continuent d’émerger. Avec des niveaux de transmission aussi élevés, le virus a de nombreuses opportunités de se reproduire et des erreurs ou mutations continuent de se produire.
La façon d’aborder cela, bien sûr, est d’essayer de ralentir la transmission et de réduire le pool d’hôtes sensibles dans lequel le virus peut se répliquer librement.
Des stratégies telles que la distanciation sociale et le port de masque, ainsi que l’augmentation des taux de vaccination à l’échelle mondiale, ralentiront l’émergence de nouvelles variantes et lignées.
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