Un modèle pour simuler la transmission communautaire du SARS-CoV-2 dans des installations regroupées

La maladie à coronavirus 2019 (COVID-2) a eu des effets dévastateurs à travers le monde sur la santé publique et les économies. Alors que les plans mondiaux de vaccination commencent maintenant à contrôler la propagation de la maladie, on craint une diminution de l’immunité. Ces préoccupations sont exacerbées par l’émergence de variantes telles que la souche delta, qui sont connues pour échapper à l’immunité contre une infection antérieure par la souche primaire SARS-Cov-2 du syndrome respiratoire aigu sévère.

Stadion : L’alignement des horaires de dotation sur les stratégies de test et d’isolement réduit le risque d’épidémies de COVID-19 dans les milieux du cancer et d’autres rassemblements : une étude de simulation. Crédit d’image : stockklemedia/Shutterstock

De nombreux pays ont imposé des restrictions sévères, notamment des mesures de distanciation sociale, des masques obligatoires et même des quarantaines et des blocages. Celles-ci ont provoqué des crises économiques de masse alors que les entreprises avaient du mal à réagir. Alors que les pays commencent à étudier la possibilité de réintroduire ces mesures, des chercheurs de l’Université de Californie ont examiné les facteurs qui ont provoqué des épidémies dans des populations telles que les maisons de soins infirmiers et les prisons.

Une version pré-imprimée du groupe d’étude est disponible sur medRxiv* Serveur pendant que l’article est soumis à un examen par les pairs.

en train d’étudier

La plupart des tests ciblent la protéine hérissée du SRAS-CoV-2. La protéine de pointe est la clé de la pathogenèse de la maladie. Le domaine de liaison au récepteur (RBD) de la sous-unité S1 se lie à l’enzyme de conversion de l’angiotensine 2 (ACE2), qui permet l’entrée du virus. Dans le même temps, l’extrémité N-terminale de la protéine de pointe permet la fusion membranaire. Le ciblage RBD est plus courant pour les vaccins, car il permet la neutralisation des anticorps ciblant la maladie et l’empêche de pénétrer dans les cellules. Les anticorps de l’immunité innée ciblent généralement ces régions de protéines barbelées, de protéines de nucléocapside ou de protéines d’enveloppe, et sont idéaux pour les tests.

Les chercheurs ont modélisé la transmission du SRAS-CoV-2 au fil du temps à l’aide d’un profil infectieux créé à partir de paramètres biologiques clés au fil du temps. Alors que les taux élevés de transmission pendant la phase asymptomatique de la maladie rendent la modélisation difficile, le pic de l’infection a tendance à coïncider avec l’apparition des symptômes s’ils apparaissent. Cela a permis aux scientifiques de modéliser les nouveaux états attendus résultant d’un individu à un moment donné.

Ils ont également envisagé la possibilité d’isoler les personnes infectées et la possibilité de rechercher les contacts. Ils ont découvert que la relation entre le temps suivant l’infection pendant lequel un individu a été isolé et l’effet de l’isolement sur la réplication du virus était sigmoïde, indiquant que l’isolement précoce est de plus en plus efficace. En comparaison, le post-isolement a un effet significativement plus faible.

Le prototype suggérait que le test se fasse au hasard dans le temps sans prendre en compte les symptômes ou les contacts. Le modèle supposait qu’après avoir reçu un test positif, l’individu serait immédiatement isolé. Les chercheurs ont examiné l’interaction entre l’isolement qui se produit un jour donné et les retards possibles dans les résultats des tests. Sans surprise, les résultats des tests lents conduisent à un isolement ultérieur. Ensuite, les scientifiques ont incorporé la fréquence des tests et les retards dans le modèle qui prédisait une transmission plus faible en raison de l’isolement, montrant que des retards accrus entraînaient une transmission accrue.

Ensuite, un autre modèle a été créé pour aider à déterminer les horaires de dotation optimaux pour éviter la transmission dans un établissement surpeuplé. Le modèle a simulé trois quarts de travail de huit heures par jour pendant 180 jours. Les employés sont signalés comme vulnérables, exposés, infectés, récupérés et peuvent voyager entre ces pays à moins qu’ils ne soient infectés suivis d’un rétablissement. Les chercheurs ont supposé un taux de transmission constant et ont envisagé la possibilité d’une infection par des employés à l’extérieur de l’établissement.

Le test initial proposé consistait en des tests randomisés en nombre variable tout au long de la semaine de travail, le deuxième modèle supposant que le test soit effectué le même jour chaque semaine. Le rythme de la semaine de travail a également été pris en compte. Le test aléatoire s’est avéré significativement moins efficace que le test systématique, que le test soit effectué toutes les deux semaines, toutes les semaines ou deux fois par semaine. Des tests systématiques deux fois par semaine peuvent éviter jusqu’à 90 % des transmissions.

conclusion

Les auteurs soulignent l’importance de leurs résultats pour démontrer l’impact des stratégies de dépistage systématique avec des délais limités qui peuvent aider à limiter la propagation de la maladie. Lorsque les cas recommenceront à augmenter, ces résultats pourraient être d’une importance capitale pour aider à informer les autorités dans les prisons, les maisons de soins et les hôpitaux. Bien que l’étude formule certaines hypothèses qui peuvent rendre le résultat final moins précis, le nombre de facteurs pris en compte est impressionnant et pourrait contribuer à rendre ces installations plus sûres pour le personnel et les patients.

*Remarque importante

medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas soumis à un examen par les pairs et ne doivent donc pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique/le comportement lié à la santé, ou être traités comme des informations établies.