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Près d’un an après l’identification du coronavirus SRAS-CoV-2, les chercheurs n’ont toujours pas déterminé comment il aurait pu être transmis aux humains. Le virologue Étienne Decroly fait le point sur les différentes hypothèses, dont celle de la fuite accidentelle d’un laboratoire.
Alors que nous assistons à une course au développement de vaccins ou de traitements, pourquoi est-il si important de connaître la généalogie du virus à l’origine de la pandémie de Covid-19?
Étienne Decroly: Le SRAS-CoV-2, qui a été rapidement identifié comme le virus à l’origine du Covid-19 est, après le SRAS-CoV en 2002 et le MERS-CoV en 2012, le troisième coronavirus humain responsable du syndrome respiratoire sévère à avoir émergé au cours des vingt dernières années. On connaît maintenant bien cette famille de virus qui circulent principalement chez les chauves-souris, et dont transfert zoonotique provoque épisodiquement des épidémies chez l’homme. Il est donc crucial de comprendre comment ce virus a franchi la barrière des espèces et est devenu hautement transmissible d’homme à homme. L’étude des mécanismes évolutifs et des processus moléculaires impliqués dans l’émergence de ce virus pandémique est essentielle pour mieux se protéger de l’émergence potentielle de ces virus et pour développer des stratégies thérapeutiques et vaccinales.
Dès les premières semaines de la pandémie, quand on ne savait pas encore grand chose sur le virus, son origine animale probable a été rapidement signalée. Pourquoi cette piste a-t-elle été choisie dès le départ et a-t-elle été confirmée depuis?
SES. RÉ. L’origine zoonotique des coronavirus, qui infectent près de 500 espèces de chauves-souris, était déjà bien documentée lors des émergences précédentes. Dans la nature, les populations de chauves-souris partagent les mêmes grottes, et différentes souches virales peuvent alors infecter simultanément le même animal, ce qui favorise les recombinaisons génétiques entre virus et leur évolution. Certaines souches sont parfois capables de franchir la barrière des espèces.
Groupe de chauves-souris dans une grotte en Birmanie. Près de 500 espèces de chauves-souris sont infectées par des coronavirus.
En comparant les séquences génomiques d’échantillons viraux de différents patients infectés par le SRAS-CoV-2, un taux d’identité de 99,98% a été observé, ce qui a montré que cette souche virale était apparue très récemment chez l’homme. Il a également été rapidement découvert que ce génome était identique à 96% à celui d’un virus de la chauve-souris (RaTG13) collecté en 2013 à partir de fèces animales et dont les séquences n’étaient connues que depuis le mois de mars 2020. On a également remarqué qu’une séquence de ce génome était complètement identique à un fragment de 370 nucléotides séquencé en 2016 à partir d’échantillons prélevés en 2013 dans une mine de la province du Yunnan, où trois mineurs avaient succombé à une pneumonie sévère.
Le SRAS-CoV-2 ne descend pas de souches humaines connues et n’a acquis que récemment la capacité de sortir de son réservoir animal naturel.
De plus, en analysant les séquences d’autres coronavirus humains connus, on ne retrouve que 79% d’identité génétique entre le SRAS-CoV-1 et le SRAS-CoV-2, et seulement 50% pour le MERS-CoV. En bref, le SRAS-CoV-2 est génétiquement plus proche des souches virales qui jusque-là n’étaient transmises qu’entre chauves-souris. Il ne descend pas de souches humaines connues et n’a acquis que récemment la capacité de sortir de son réservoir animal naturel, qui est probablement la chauve-souris.
S’il est établi que le Covid-19 nous vient de la chauve-souris, pourquoi son origine reste-t-elle sujette à controverse?
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