carte, taux par région, où en sommes-nous?

[Mise à jour le vendredi 20 novembre à 09h47] Le R0 (ou le R effectif) désigne le taux de reproduction d’un virus. Il s’agit de nombre moyen de nouveaux cas causés par une personne infectée dans une population sans immunité. Il prend en compte plusieurs indicateurs (tests positifs, hospitalisations ou visites aux urgences). Les deux à surveiller en particulier sont les hospitalisations et les urgences. Au 19 novembre, trois semaines après le début du confinement, selon les données de Santé publique France, il est moins de 1 dans toutes les régions Français. Pour comprendre, un taux supérieur à 1 signifie qu’une personne infectée contamine en moyenne plus qu’une autre et donc que l’épidémie progresse. À l’inverse, lorsqu’il descend en dessous de 1, il diminue. Quel est le R0 ? Le R efficace ? Comment est-il calculé? Quel est son taux au niveau national? Et dans chaque région de France? Menu et explications.

Être capable de quantifier la capacité de transmission d’un virus lors d’une épidémie est essentiel pour mettre en place des mesures au bon moment pour l’arrêter (surtout lorsqu’il n’y a pas de traitement ou de vaccin comme dans le cas du Covid-19). Cette capacité appelée «transmissibilité» est mesurée par le numéro de reproduction du virus R, également appelé «taux de reproduction», c’est-à-dire le nombre moyen de cas secondaires causés par une seule personne infectée pendant sa période contagieuse. Il faut alors distinguer:

• le nombre de reproductions du virus pendant la crise épidémique: le « R efficace » (celle donnée par les autorités sanitaires françaises depuis juin)
• du nombre de reproduction initial au début de l’épidémie qui a été appelé « R0 ».

« L’objectif des efforts de contrôle est de réduire R en dessous de la valeur seuil de 1 et aussi près que possible de 0, permettant ainsi de maîtriser une épidémie.« a expliqué Anne Cori dans un article de l’American Journal of Epidemiology en 2013. Dans le cas du coronavirus qui est un virus très contagieux, ce R0 était avant le confinement à 3 ou plus. Pour un même virus, le R0 peut varier d’une population à l’autre en fonction de la densité de la population, de la sensibilité et d’autres facteurs.

Comparer : le R0 de la grippe en France a été réduit à moins de 1 grâce à la politique de vaccination qui immunise une partie de la population. le OU pour la rougeole est de 16. le OR du SRAS en 2003 était de 3 et a été ramené à 0,5 ce qui a permis d’arrêter l’épidémie.

Le R0 (taux de reproduction du virus initial) est calculé à partir d’une population pleinement sensible à l’infection (c’est-à-dire qui n’a pas encore été vaccinée ou immunisée contre un agent infectieux). C’est le produit de trois facteurs: R0 = ßcD.

• ß = le risque de contracter le virus lors du contact (d’où le respect d’une distance sociale d’au moins 1 mètre recommandé pour le moment),
• c = le nombre de contacts dans une unité de temps : si on réduit le nombre de contacts de moitié, on réduit le R0 Une moitié.
• D = le nombre de jours pendant lesquels une personne infectée est contagieuse (jusqu’à 14 jours pour le coronavirus).

Plusieurs méthodes existent alors pour estimer le R. effectif. En France, c’est le Méthode de Cori (du nom d’Anne Cori, chercheuse à l’Imperial College de Londres, spécialisée dans les maladies infectieuses) qui a été choisie comme Santé publique France dans ses points épidémiologiques hebdomadaires. Ce R peut être calculé à partir de différents indicateurs.

• le Reff calculé à partir du nombre de cas confirmés en France (données virologiques, SI-DEP)
• le Reff calculé à partir des données des visites d’urgence (OSCOUR®)
• à partir du 24 septembre, le R effectif calculé à partir des données d’hospitalisation des cas de COVID-19 (données SI-VIC)

→ Le R effectif est un indicateur de la dynamique de transmission du virus environ 1 à 2 semaines auparavant (y compris le temps entre la contamination et le test, et le fait que le calcul est effectué sur une période de 7 jours).

Le calcul de R est important pour évaluer la situation épidémiologique dans un département ou une région. Depuis le début de l’épidémie de Covid-19 en France, le ministère de la Santé ne cesse de répéter que l’objectif est que le taux de reproduction du virus passe en dessous de 1. Le « 1 » est donc le point de vigilance. Un R supérieur à 1 signifie que le virus recommence à circuler et donc que l’épidémie progresse. Un R de 1,4 correspond à un temps de doublement des cas d’environ 2 semaines.

• 1
• R> 1,5: seuil d’alerte

Les taux de reproduction calculés à partir des visites aux urgences et des hospitalisations sont ceux à suivre en priorité dans les semaines à venir.

Depuis fin juin, nous observons une augmentation marquée du taux de reproduction. Les estimations du nombre de reproduction hebdomadaire sont basées sur le nombre de tests PCR positifs pour le SRAS-COV-2, sur les visites aux urgences pour un COVID-19 suspecté et sur les hospitalisations. 19 novembre, trois semaines après le début de accouchement en France, le taux R est inférieur à 1 en France métropolitaine dans les trois sources de données: à partir des données virologiques SI-DEP (0,65), des visites aux urgences (0,87) et à partir des données d’hospitalisation (0,89): « Celles-ci trois taux de reproduction sont en baisse par rapport aux estimations de la semaine précédente «  déclare Santé publique France dans son bulletin épidémiologique du 19 novembre. Les taux de reproduction calculés à partir des visites aux urgences et des hospitalisations sont ceux suivis en priorité par le gouvernement.

Courbe du nombre effectif de reproduction (R-efficace) basée sur des tests PCR positifs pour le SRAS-COV-2, des visites aux urgences avec suspicion de COVID-19 et des hospitalisations pour COVID-19 en France métropolitaine du 15 mars au 14 novembre 2020.

Pour rappel : 15 mars 2020, juste avant l’emprisonnement de la France et le pic de l’épidémie, le R0 effectif avait été estimé à 2,8. Il est ensuite descendu à 0,8 la 11 mai 2020, au début de la déconfinement et était descendu à 0,73 selon le rapport de Santé publique France du 11 juin. Il était de 1,14 le 4 novembre, une semaine après le début du deuxième lockdown.

Selon le bulletin épidémiologique de Santé publique France du 19 « aucune région, que ce soit en métropole ou outre-mer, ne présente une estimation des effectifs significativement supérieure à 1 à la semaine 46 (9-15 novembre ».

→ Les estimations du taux de reproduction à partir des données virologiques PCR (SI-DEP) sont moins de 1 pour toutes les régions métropolitain.

→ Celles réalisées à partir des visites aux urgences et des données d’hospitalisation sont également inférieures à 1 dans presque toutes les régions métropolitaines, sauf dans la région Grand-Est où les estimations sont supérieures à 1 « mais pas de manière significative » précise l’agence et en Bourgogne-Franche-Comté, où l’estimation à partir des données d’hospitalisation est supérieure à 1, « mais pas de manière significative ».

Nombre de reproduction efficace (R-efficace) à partir de tests PCR positifs pour le SRAS-CoV-2, de visites d’urgence avec suspicion de COVID-19 et d’hospitalisations pour COVID-19 par région, France métropolitaine et ultra-marine, sur 7 jours glissants (à partir de 08 au 14 novembre 2020 pour SI-DEP et OSCOUR®, du 09 au 15 novembre pour SI-VIC)

Le taux de reproduction n’est qu’un indicateur et comme tous les indicateurs, il ne doit pas être considéré seul. En effet, ce nombre de reproduction du virus varie dans le temps et dans l’espace. Trois autres indicateurs sont suivis par le gouvernement français pour observer l’évolution de l’épidémie de coronavirus en France depuis le déconfinement. «Dès qu’un seuil (vigilance et / ou alerte) est franchi, une analyse de risque approfondie est lancée afin d’identifier les causes du signal et déclencher une alerte si cela s’avère nécessaire» a expliqué le ministère de la Santé dans un Communiqué de presse du 8 juillet.

→ L’incidence épidémique, c’est-à-dire le nombre de personnes infectées sur une semaine pour 100 000 habitants: estimation basée sur le nombre de tests positifs de RT-PCR (tests effectués dans le nez). Si le chiffre est compris entre 10 et 50: seuil d’alerte. S’il est supérieur à 50: seuil de vigilance. Le 19 novembre, le taux d’incidence du virus en France est de 248,39.

→ Le taux d’occupation des lits de soins intensifs par les patients COVID par rapport à la capacité initiale de soins intensifs

Les tensions hospitalières sur les lits de réanimation correspondant au taux moyen d’occupation des lits de réanimation par les patients COVID-19, par rapport à la capacité initiale des lits de réanimation, par région: si le taux augmente entre 40 et 60% du seuil de vigilance. S’il dépasse 60%, c’est le seuil d’alerte.

→ Le nombre de tests virologiques positifs pour Covid-19 pour 100000 habitants par semaine

Depuis le mois de juillet, tous les Français, qu’ils présentent ou non des symptômes évocateurs de Covid-19, qu’ils aient ou non une prescription peuvent aller se faire dépister. Le taux de positivité des tests RT-PCR correspondant au taux de positivité des prélèvements virologiques (tests effectués au nez) réalisés dans chaque service est un indicateur: si le taux est compris entre 5 et 10%: seuil de vigilance. S’il est supérieur à 10%: seuil d’alerte.

Source: COVID-19: point épidémiologique du 19 novembre 2020. Santé publique France.